菌种接种发酵是在渥堆初期人工添加优势菌种（黑曲霉、酵母等），使有益菌快速成为优势菌群，抑制杂菌生长，缩短发酵周期。云南省农科院等机构已开发出多种发酵剂，在昆明、普洱、勐海、大理、文山等地成功用于大生产，应用企业比传统生产提质增效20-30%。