普洱茶发酵过程中，微生物代谢产生了大量新化合物，显著改变了茶叶的化学组成：1. 没食子酸增加——黑曲霉等微生物分泌单宁酶，将酯型儿茶素水解为没食子酸，含量可增加数倍；2. 茶褐素生成——微生物酶促氧化聚合形成茶褐素，贡献熟茶汤色和；3. 甲氧基苯类——真菌代谢木质素产生甲氧基苯类化合物，是陈香的主要来源；4. 萜类转化——微生物β-葡萄糖苷酶水解糖苷前体，释放芳樟醇、香叶醇等萜类香气；5. 洛伐他汀——红曲霉等代谢产生的降脂活性物质。丁章贵研究员提出“发酵茶多酚理论”，指出熟茶多酚组成发生显著变化，儿茶素类化合物含量较显著降低（降低了90%以上、部分样品儿茶素含量低于检测限），熟茶多酚结构多样性增加。