细菌在发酵中后期作用重要。主要细菌群落：芽孢杆菌属、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等。芽孢杆菌分泌多酚氧化酶、过氧化物酶，促进茶多酚氧化聚合，有利于普洱茶品质形成。有研究认为细菌占发酵微生物总量的76.26%，是真核生物的4倍以上，提示细菌作用可能被低估。